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【报告新闻】MD安德森癌症中心研究员王芳博士学术报告会
发布人:高雪  发布时间:2020-01-02  

应bbin新体育官网张岩教授邀请,MD安德森癌症中心研究员王芳博士1230日到bbin体育进行访问,并做学术报告。期间王芳博士与bbin体育的教授和同学就生物信息学算法研究和单细胞测序数据分析方法等热点研究方法进行了深入的交流和讨论。

30日下午,王芳博士在明德楼B305报告厅进行了题为Deconvoluting cancer genomic heterogeneity based on bulk and single cell sequencing data”的学术报告。

本次报告王芳博士首先介绍了基于单核苷酸多态性和体细胞单核苷酸变异开发的用于全面解读组织样本的算法Texomer。王芳博士指出,基因组图谱和转录组图谱分析都有望对组织样品进行全面,功能性的读出,但仍需要更精准的分析方法,Texomer方法整合了等位基因特异性以及使用bulk全外显子和转录组测序数据得到的肿瘤去卷积的转录组-外显子的特征 Texomer大大提高了样本分类和功能变体优先级的准确性。该项成果目前已发表在顶级期刊NATURE METHODS上(影响因子为28)。接下来王芳博士又介绍了一种基于单细胞测序数据实现细胞类型分类和生物学上有意义的标记选择的方法。该方法是一种从头计算的方法,通过识别具有亚种群区分表达水平并与其他基因共同或互斥地表达的基因来执行无监督标记选择。最后,王芳博士又汇报了自己的最新研究,开发了一种新颖的高效计算方法(Medatree),该方法构建了一个单细胞谱系树,详细描述了癌症演变过程中单拷贝增益或丢失事件的最小数量,以及数千个细胞之间的族谱关系在肿瘤细胞群中

本次学术交流提出的新方法和王芳博士对学科前沿方向的独到见解,都让参加报告的全体师生印象深刻、收益良多。